Stratagene 회사에서 개발하여 판매하는 QuickChange Site-Directed Mutagenesis kit를 이용한 방법인데, 모두 6시간 정도가 소요된다. Mutation을 가진 두개의 상보적인 염기서열의 oligonucleotide를 primer로 사용하고, plasmid 상태의 DNA를 template로 사용하여 새로이 mutation을 가진 plasmid를 시험관에서 증폭, 합성한 다음, 원래의 wild type은 Dpn I 제한효소로 절단하여 제거하는 방법이다. 보통 실험실에서 사용하는 E.coli는 Dam methylase를 가지고 있어서 이들에서 분리된 모든 DNA의 경우 GATC 염기서열의 A가 methylation 되어있다. 즉 template로 사용한 wild type DNA는 E.coli에서 분리된 DNA로서 Gm6ATC를 인식하여 절단하는 Dpn I에 의하여 절단되지만 시험관에서 합성한 mutant DNA는 절단되지 않는다. Dpn I으로 처리한 DNA를 E.coli host에 transformation 시킴으로써 높은 확률로 mutant를 가진 clone을 얻을 수 있다.
